W 1999 r. dyrektorem szkoły zostaje Henryka Skrzynecka, wicedyrektorem Sławomir Strzelecki. Szkoła jest już wówczas w zarządzie nowo utworzonego szczebla administracji samorządowej – powiatu milickiego.
Nowa dyrekcja przystępuje do gruntownych remontów budynku. Na początek zmodernizowano szkolną kotłownię. Węgiel kamienny zastąpiono olejem opałowym, a nauczycielom Liceum przybyło miejsc parkingowych (w miejscu po składowanym węglu). W dalszych latach wyremontowano część sanitariatów i większość klas, by szkoła była gotowa na obchody jej 55-lecia. W roku szkolnym 2001/2002 odbył się pierwszy Powiatowy Konkurs Młodych Informatyków, organizowany przez I LO. Jego kolejne edycje przyciągają młodych uzdolnionych ludzi.
Szczególnym rokiem okazał się być 2001/2002. Nie przeprowadzono wówczas naboru do klas pierwszych. W wyniku reformy oświaty 4-letnie liceum wkrótce miało być zastąpione zreformowanym 3-letnim. Po raz pierwszy uczniowie mogli przystąpić do matury wg zmienionych zasad (tzw. nowa matura). I Liceum znalazło się również po raz pierwszy w prestiżowym rankingu szkół średnich dziennika „Rzeczpospolita” i tygodnika „Perspektywy”. W ciągu najbliższych kilku lat jeszcze 4 razy sięgniemy po ten laur. Corocznie organizowane są targi edukacyjne, zastąpione po kilku latach „dniami otwartymi”. To wielkie wydarzenie, które przyciąga do szkoły rzesze gimnazjalistów.
We wrześniu 2002 r. naukę rozpoczęli uczniowie zreformowanego liceum. Wkrótce egzamin dojrzałości odchodzi do lamusa, rzeczywistością staje się zewnętrzny egzamin maturalny (identyczny w całej Polsce). Wyniki matur są porównywalne. Również na tym polu nasze liceum ma wielkie sukcesy. Zdawalność i średnie wyniki matury są zdecydowanie powyżej średnich krajowych i wojewódzkich. Od roku szkolnego 2003/2004 szkoła tytułuje się certyfikatem „Szkoły z klasą”. Powstaje Stowarzyszenie Absolwentów I LO
w Miliczu. Rozpoczyna się udział w projekcie AIESEC, w ramach którego co roku przybywają na tydzień studenci z różnych państw świata, by propagować kulturę swoich krajów, doskonalić wespół z uczniami języki obce i uczyć tolerancji. W liceum aktywnie działa sztab Wielkiej Orkiestry Świątecznej Pomocy.
W 2004 r. w budynku liceum znalazła miejsce filia Uniwersytetu Wrocławskiego (Instytut Politologii). Grupa nauczycieli naszej szkoły zdobywa tytuł „Nauczyciela z klasą”.
W 2005 r. obchodzony jest jubileusz 60-lecia liceum. Odbywają się bale charytatywne, liczne konkursy, olimpiady i wycieczki przedmiotowe. Uczniowie mają do dyspozycji szereg zajęć finansowanych przez Unię Europejską. Szkoła nieustannie się rozwija. Gdy kończę pisać te słowa, jest upalny lipiec 2010 r. Od roku dyrektorem jest Sławomir Strzelecki, wicedyrektorem Iwona Lewandowska. Wkrótce ma zostać wybudowane nowe boisko szkolne i hala sportowa. Szkoła zostanie również w pełni skomputeryzowana i zinformatyzowana. Przystąpiła także do projektu termomodernizacji. Odrestaurowano szkolną aulę, na scenę której wróciło z wielkim sukcesem koło teatralne. Dotarliśmy w naszej historii do drzwi pomiędzy przedsionkiem a główną częścią budynku. Dalsze jej zwiedzanie i odkrywanie pozostawiam Państwu. Mam tylko jedną prośbę – wychodząc odwróćcie głowę i spójrzcie na Minerwę. I nie zapomnijcie o I LO w Miliczu.